Ансамбль Василианского монастыря с церковью Пресвятой Троицы — это один из древнейших архитектурных памятников Вильнюса. Первую деревянную церковь, согласно легенде, в ХІV веке построила княгиня Юлиана на месте смерти в 1347 Антония, Иоанна и Евстафия, Ольгердовых дворян, первых мучеников за христианскую веру и первых христианских святых в Литве. Княгиня Юлиана была дочерью великого князя Тверского и Анастасии Галицкой, а также женой великого князя Литовского Ольгерда.
Каменную церковь Пресвятой Троицы с колокольней построил в 1514 князь Константин Острожский, великий гетьман литовский, каштелян виленский и воевода тракайский, в знак благодарности за полученную победу Литовско-Польских войск над Московским войском под Оршей. По преданию первая церковь была на месте главного алтаря новой каменной церкви.
Церковь построена в готическом стиле и сегодня сохранила тринавное планирование с полукруглыми алтарными выступами, апсидами на восточной стороне. В первой половине XVII века было достроено три часовни. Первая, расположенная справа от главного входа, Благовещение Пресвятой Богородицы, была построена на средства Януша Скумин-Тышкевича (1570-1642), потомка знатного графского рода Тишкевичей. В подземельях часовни похоронен отец основателя, новогродский воевода Теодор Скумин, сам основатель и его жена Барбара Нарушевич, которая умерла в 1627 году. В часовне сохранилось ее мраморное надгробие работы итальянских мастеров. В наши дни в этой часовне постоянно проходят Богослужения в византийском обряде.
Вторая часовня расположеная слева от главного входа Святого Луки, была построена в 1622 на средства Евстафия Корсак-Голубицкого. Кроме самого основателя, в крипте под часовней покоятся его сыновья Иван и Григорий. К этому знатному роду Корсаковых относятся и архимандрит виленский Василианской обители Рафаил Николай Корсак (1601-1640), позднее — протоархимандрит Василианского Ордена, Киевский Митрополит католиков Восточного обряда.
Третья часовня — это Воздвижение Честного Животворящего Креста Господня. Основателем этой часовни с гробовой семейной криптой в 1628 был писарь Великого княжества Литовского Ян Коленда. В церкви сохранились ценные надгробия. Уникальным памятником эпохи Ренессанса в Литве является надгробие Виленского бургомистра Офанасия Браги и его сына Антония с гербовым щитом, надписью на кириллице и богатым растительным орнаментом, датированным 1576 годом. Привлекает внимание надгробие сестер Еленских с сентиментальной надписью 1758 года. В 1670 году значительные средства на восстановление церкви выделили Великий гетьман Литовский Пац и главный казначей Иероним Кришпин Киршенштейн, в частности, на установление алтаря Святого Иосафата Кунцевича.
После пожаров 1706, 1748 и 1760 церковь значительно перестроили. Реставрационными работами руководил известный виленский архитектор Иоганн Христоф Гляубиць. Тогда церковь удлинили, увеличили окна, построили две башни на восточном фасаде. Церковь стоит посреди двора, окруженного трехэтажными монастырскими зданиями конца XVIII — начала XIX веков.
Ценной архитектурной достопримечательностью Виленского монастыря, бесспорно, являются входные ворота монастыря с улицы Остробрамской (Aušros Vartų). Они были построены согласно проекту Иоганна Кристофа Гляубиця в 1761 с трехэтажным фасадом в стиле позднего барокко, граничащим с рококо.
После распада Речи Посполитой в 1795 и оккупации Литвы царской Россией начались настоящие репрессии против униатов: ликвидировались василианские монастыри, церкви превращались в православные, а верных греко-католиков массово и насильно переводили в православие. Часть монастырских помещений царская власть превращает в тюрьму. В 1823 первыми ее узниками стали члены студенческого подпольной организации Виленского университета. В их числе был известный поэт Адам Мицкевич, о чем свидетельствует памятная доска на стене монастыря. В этой тюрьме находились участники восстания 1831 года против Российской империи. Одного из эмиссаров эмиграционного антицарского движения Симона Конарского в 1839 году повели на казнь.
В 1845 году в бывшие монастырские помещения переводят православную семинарию. В 1867-1869 году под руководством русского архитектора Николая Чагина начинается большая перестройка Василианского комплекса. В первую очередь старались изменить внешний вид церкви Святой Троицы. Было перестроено башни, сделаны арки на фасаде, построен деревянный купол согласно традиции православной церкви. Но самые значительные работы проводились в монастырских зданиях. Оставили только внешние стены, внутреннее пространство было перестроено.
С июня 1923 в церкви Пресвятой Троицы в праздничные дни возобновляются греко католические богослужения, а в стенах монастыря находят убежище целый ряд организаций, которым василиане снимают помещения — Союз Польских Литераторов, Польское туристическо краеведческое Общество, Белорусское научное общество, Белорусский музей и Белорусская гимназия.
Во время советской оккупации власть закрывает церковь, а монастырские помещения отдает Педагогическому институту Вильнюсскому филиалу Каунасской политехники, который впоследствии станет техническим университетом. В церкви былы устроены мастерские, а затем вибротехническая лаборатория. Следы от оборудования которых до сих пор сохранились на полу и стенах церкви. Старые стены вздрагивали от вибраций, алтарь был уничтожен, часовни и гробницы осквернены.
В 1991 году правительство независимой Литвы вернуло василианам церковь Пресвятой Троицы и легализовало деятельность греко католической Церкви, как одну из девяти традиционных конфессий в Литовской Республике. После долгих лет терпения, скорби и ужасных преследований, отцы Василиане проповедуют Слово Божье в храме Пресвятой Троицы.
С историей монастыря связаны имена святого Иосафата Кунцевича, Архиепископа Полоцкого, а также великого реформатора Василианского ордена Иосифа Велямина Рутского.
Святой Иосафат Кунцевич родился в 1580 году во Владимире Волынском, получив крестное имя Иван. Его отец Гавриил хотел, чтобы сын в будущем стал купцом, поэтому отдал его изучуть науку. Однако, еще в детстве юноша, молясь перед Христовым Распятием в церкви, получил из него в свое сердце чудодейственную искру, которая на всю жизнь зажгла его безграничной любовью к Богу и Церкви.
В 1604 году, на 24-м году жизни, Иван Кунцевич вступил в монастырь Святой Троицы в Вильне и получил монашеское имя Иосафат. Не имея в монастыре духовных лидеров, ни хорошего примера, Иосафат обратился к литургическим книгам и правилам Святого Василия Великого, чтобы в них найти указатели на дороге к святости. Пример монаха Иосафата в скором времени начал вдохновлять других юношей, которые покидали мирскую жизнь и вели образ жизни, который вел Иосафат. Среди них был и молодой богослов Вельямин Рутский, который впоследствии вместе с Иосафатом стал реформатором Василианского Ордена.
В 1609 году Иосафат был рукоположен в священники. В 1613 умер Митрополит Ипатий Потий и на его место избрали В. Рутского, а иеромонах Иосафат стал игуменом монастыря Святой Троицы, где уже проживало более 50 монахов. Все с большим рвением Иосафат работал над обновлением монашеской жизни, а также вел усердный труд среди мирян, обучая их истин веры и призывая к церковному единству.
Иван Вельямин родился в деревне Рута, недалеко Новгородка на Белой Руси, в 1574 году. Его отец Феликс Вельямин происходил из Московии, откуда переехал на Беларусь, избегая преследований от Ивана Грозного и там, получил от польского короля Зигмунда Августа хутор Рута. С тех пор семья Велямина изменила фамилию на Рутский.
Во время учебы в греческой коллегии, после долгих колебаний, Рутский принял здесь восточный обряд, хотя и знал о печальном состоянии Украинской Церкви. В этом решении, на него повлиял разговор с Папой Климентом VIII, который перед тем привел Украинскую Церковь к единству с Вселенской Католической Церковью. В 1603 Рутский закончил богословие в Риме, и по воле Папы поехал в Беларусь, где должен был работать над закреплением только осуществленного Союза.
Находясь в Риме он представил Святейшему Отцу программу соединения Церквей. Кроме восточных веток латинских чинов, он предложил еще и реформу ордена. Вернувшись в Вильнюс, Рутский застал своего друга Кунцевича в Святотроицком монастыре, как монаха Иосафата. Святость этого молодого монаха захватывала Рутского. Он тогда понял, что состояние Украинской Церкви сразу улучшится когда воспитается на его примере молодое поколение ордена.
Получив от Христа призвание, 7 сентября 1607 Иван Рутский вступил в монастырь Святой Троицы в Вильнюсе. На следующий день принял монашескую рясу и новое монашеское имя Иосиф с Митрополитом Потия. Он составил монашеские обеты 1 января 1608 и испытал необычное спокойствие, убедившись, что греческий обряд и Украинская Церковь стали ему родными.
Умер Митрополит Рутский 5 февраля 1637 в Дермани. Похоронили его в Вильнюсе, откуда в 1655 году московские войска вывезли его гроб в неизвестное место.
